3位航天員將承擔15項航天醫學相關空間實驗。
中國航天員科研訓練中心流量計副總設計師李瑩輝介紹，這其中最主要的實驗有5項。
航天飛行對前庭眼動、心血管及腦高級功能影響研究。這是我國在微重力環境下首次進行的系統（人體）生理學研究實驗。
失重生理效應防護的細胞學機制研究。孔板流量計實驗的目的在于探討失重條件下整合素與細胞因子對成骨細胞的調節作用。
空間骨丟失防護技術研究。在組合體飛行階段，航天員電磁流量計將采用對人體無損、高效、耗能低、重量輕、體積小、使用方便的力刺激儀進行力刺激防護，增加骨間隙液流增強骨細胞活性，從而達到對抗空間骨丟失的效果。
在軌有害氣體采集與分析。通過分析目標飛行器艙內的空氣質量，對目標飛行器內的微量有害氣體進行評估，了解飛行器內污染水平。
航天員在軌質量測量。神九任務中，3名航天員將使用中國航天員科研訓練中心自主研制的質量測量儀對人體質量進行測量。 |
